Аспирантура в институте «Магарач» функционирует с 1952 года аспирантура, с 1988 года — докторантура. За это время в диссертационных советах института было защищено 52 докторских и более 400 кандидатских диссертаций. Диссертационный совет действует в институте с 1977 года.