Отдел экономики функционирует в институте с 1936 года. В его составе работали многие известные ученые-экономисты — С.С.Богданов, Е.М.Белоусова, Ю.Д.Шапкин, П.И. Кибалов, М.С. Игнатюк, В.А.Филиппович, В.П.Антипов и другие.
Сотрудниками отдела только за последние 10 лет издано более 100 научных статей, книг, брошюр, методических рекомендаций, справочных работ, касающихся различных аспектов, технико-экономических обоснований прогнозов и предложений по экономической эффективности хозяйственной деятельности в сферах виноградарства и виноделия.
С участием отдела экономики ФГБУН «ВННИИВиВ «Магарач» РАН» была разработана «Программа развития виноградарства Республики Крым до 2015 года» и действующая «Программа развития виноградарства и виноделия до 2025года».
На сегодняшний день отдел экономики находится в процессе реорганизации.